核酸探針 Fitts（1983）等在沙門菌檢測中引入了*代DNA-RNA雜交技術，此法應用的探針含有用放射性同位素標記的傷寒沙門菌DNA片段，其敏感性高，經大約48h的增菌步驟后，檢測極限可達l08個／ml，但由于要使用放射性同位素，只能在專門的實驗室中進行，因此阻礙了該方法的推廣應用。第二代方法依賴于沙門菌核糖體RNA（rRNA）的檢測。核糖體是細胞蛋白質合成器的一部分，每個細菌中存在5000～20000個復制體，而相比之下染色體DNA復制體僅2～10個。

這種天然富含rRNA標靶序列的情況使得無輻射檢測成為可能，同時又保持了與放射性同位素方法相當 或更高的敏感性。該方法的另一優點是由于rRNA為單鏈，雜交前無需經過變性步驟。要得到陽性結果，此法需要105個／ml（以靶細胞計）。對于沙門菌檢測來說，無論采取*代還是第二代檢測方法，都需要進行預增菌和選擇性增菌，總共約50h。核酸探針法比ELISA法更耗時，但二者成本相近。檢測一種菌就需要制備一種探針，目前尚未建立所有致病性沙門菌的探針，無論是采用*代還是第二代檢測方法，要達到檢測量還要對樣品進行預增菌和選擇性增菌，任何一種方法不可能有100％的特異性和敏感性，所以必須考慮假陽性和假陰性的問題。

AOACzui近認可了Gene-Trak沙門菌比色分析法，探針的標記物為異硫氰酸熒光素（FITC），再用辣根過氧化酶標記抗FITC的抗體結合放大探針，在多聚腺苷酸尾部和多聚胸腺嘧啶侵染棒固相薄膜上雜交，對239株沙門菌的特異性檢出率為100％，假陽性率為0．8％。